Aperçu des sections
- Généralités
- Partie I : Apports théoriques et illustrations. 30 novembre et 1er décembre 2015.
Partie I : Apports théoriques et illustrations. 30 novembre et 1er décembre 2015.
Consacrée à des présentations introductives à la modélisation. Un état de l’art de la modélisation appliquée au domaine de la protection intégrée des cultures sera présenté, ainsi qu’un ensemble d’applications diversifiées du point de vue des problématiques considérées et des méthodes. Cette partie se fera sur la base essentiellement de présentations de la part des intervenants et d’échanges avec les participants.
Durée : 12h00
J1 : 10h-12h45 (avec pause 15 min) + 14h15-18h00 (avec pause 15 min) : 2h30+3h30= 6h (hors pause)
J2 : 9h-12h45 (avec pause 15 min) + 14h15-17h00 (avec pause 15 min) : 3h30+2h30 = 6h (hors pause)
Présentations des deux jours
Premier jour
Deuxième jour
- Partie II : Mise en pratique (optionnelle). 2,3 et 4 décembre 2015.
Partie II : Mise en pratique (optionnelle). 2,3 et 4 décembre 2015.
Mettre en application les principes présentés précédemment afin d’en permettre leur appropriation par les participants. Il s’agira d’approfondir trois grandes voies de modélisation proposées : la modélisation statistique, la modélisation dynamique et la modélisation par agrégation qualitative. Cette partie pratique mobilisera le langage de programmation R (gratuit et largement utilisé).
Prérequis : les participants doivent avoir un niveau de base sous le logiciel R
- Jour 3. Application. Modèles statistiques.
Jour 3. Application. Modèles statistiques.
J3 : 9h-12h45 (avec pause 15 min) + 14h15-17h00 (avec pause 15 min) : 3h30+2h30 = 6h (hors pause) 360 min
Principaux intervenants : David, Emmanuelle (avec François et Jean Noël en support).
Le travail se fera sous la forme de travaux dirigés sous le logiciel R. On partira des problématiques sur les maladies du blé, avec la mise à disposition de jeux de données. Il s'agira de construire des modèles statistiques et de les évaluer.
- Jour 4. Application. Modèles dynamiques phénologie des ravageurs et SEIR maladies.
Jour 4. Application. Modèles dynamiques phénologie des ravageurs et SEIR maladies.
J4 : 9h-12h45 (avec pause 15 min) + 14h15-17h00 (avec pause 15 min) : 3h30+2h30 = 6h (hors pause) 360 min
Principaux intervenants : François, Jean Noël (avec David et Emmanuelle en support).
Le travail se fera sous la forme de travaux dirigés sous le logiciel R. On partira de problématiques sur les ravageurs et sur les maladies du blé. Il s'agira de construire les simulateurs à partir des descriptions de modèles dynamiques existants, classiques dans la littérature, afin de bien comprendre ce qu'est un modèle dynamique. On verra ensuite comment on peut prendre en compte les pratiques dans ce type de modèle et on pourra réaliser des comparaisons de scénarios.
Ressources R
- Jour 5. Application. Modèles qualitatifs.
Jour 5. Application. Modèles qualitatifs.
J5 : 9h-12h45 (avec pause 15 min) + 14h15-16h00 (avec pause 15 min) : 3h30+1h30 = 5h (hors pause) 300 min
Principaux intervenants : Jean-Noël, François et Emmanuelle en Support (David absent le 4 décembre)
Le travail sera réalisé en petits groupes, ou individuellement, à l’aide de la plateforme IPSIM (Injury Profile SIMulator). On propose un fonctionnement en mode projet. Soit sur des thématiques des participants, soit sur des cas d'étude proposé (travail plus dirigé, par exemple : dans un contexte rouille brune, quels pratiques optimisés pour réduire le risque ?). Les participants sont invités à proposer une problématique associée à un jeu de données. Des questions seront également proposées par les intervenants afin que les participants sans question définie puissent travailler. Contacter Jean-Noel.Aubertot@toulouse.inra.fr pour vérifier la faisabilité du projet de modélisation envisagé.
- Ressources R
Ressources R
Ressources R pour rafraichir vos connaissances avant ou pendant la formation.
Deux ressources proposées pour une initiation ou plutôt une remise à niveau.
Avec ces deux ressources, vous aurez toutes les notions R dont nous aurons besoins (on a choisi les éléments pour faire des stats simples (1er doc) et la construction de modèle (deuxième doc).
Contenu d'une journée de formation que l'on a fait ces dernières années d'initiation au logiciel R.
Je pense qu'en suivant les diapos dans theorie/01_InitiationR_ITA_V5.pdf
et en essayant de bien bien comprendre les exemples ligne à ligne, cela peut permettre de bien se rafraichir les idées.Dans le livre qui vous sera distribué à la formation : chapitre initiation à R.
Autres ressources en ligne disponibles.
- Souvent les personnes apprécient : https://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_fr.pdf
- d'autres listées : https://cran.r-project.org/other-docs.html